Eine ausführliche Beschreibung der Methodik des CHE Hochschulrankings bietet das MethodenWiki. 

Das CHE Hochschulranking folgt methodischen Standards, die es in vier wesentlichen Punkten von anderen deutschen und angelsächsischen Rankings abhebt:

• Es ist strikt fachbezogen. Es erfolgt kein Vergleich ganzer Hochschulen über Fächer hinweg. Dem liegt die Einsicht zugrunde, dass es die beste Hochschule nicht gibt. Die Hochschulen verfügen über spezifische Profile mit Stärken und Schwächen in verschiedenen Fächern.
  
  
• Es ist mehrdimensional. Das bedeutet, innerhalb eines Faches wird kein Gesamtwert aus irgendwie gewichteten Einzelindikatoren gebildet. Auch innerhalb eines Faches weisen die Hochschulen sehr spezifische Stärken und Schwächen auf (z.B. im Lehrangebot, der Betreuung, der Ausstattung). Für eine Gewichtung von Einzelindikatoren existieren zudem weder theoretisch noch empirische Grundlagen. Es muss davon ausgegangen werden, dass die Entscheidungspräferenzen innerhalb der Zielgruppe der Studienanfänger heterogen sind. Dem würde eine vorgegebene Gewichtung von Indikatoren widersprechen.
  
  
• Es zeichnet ein Bild der Hochschulen aus verschiedenen Perspektiven. Neben den Fakten zu den Fachbereichen und Studiengängen fließen die Perspektiven der Hochschullehrer und der Studierenden in das Ranking ein. Damit entsteht ein differenzierteres Bild als in Rankings, die nur auf der Befragung einer Personengruppe (z.B. nur Studierende, nur Personalchefs) beruhen und so lassen sich subjektive Einschätzungen und objektive Indikatoren kontrastieren.
  
  
• Es weist den Hochschulen keine einzelnen Rangplätze zu, sondern ordnet sie drei Ranggruppen zu: einer Spitzen-, einer Mittel- und einer Schlussgruppe. Damit wird vermieden, dass minimale Unterschiede im Zahlenwert eines Indikators als Leistungs- und Qualitätsunterschiede fehlinterpretiert werden.
  
  

Die differenzierte Methodik, die dem CHE Hochschulranking zugrunde liegt wird im Methodenwiki ausführlich beschrieben. Es enthält detaillierte Beschreibungen der Vorgehensweisen bei den unterschiedlichen Datenerhebungen (Studierendenbefragung, Professorenbefragung, Fachbereichsbefragung, Befragungen der Hochschulverwaltung, Bibliometrie), der Auswertung der Daten (Indikatoren, Ranggruppenbildung) und der Darstellung der CHE Rankings im Internet.